Es el principal órgano de dirección de la Corporación y la integran los representantes legales de las entidades territoriales que hacen parte de la jurisdicción.  En Caldas está conformado por 27 alcaldes y el Gobernador del departamento.

Entre las funciones de la Asamblea Anual Corporativa están: 

• Elegir como integrantes del Consejo Directivo de la Corporación a dos representantes del sector privado y a cuatro alcaldes de los municipios de la jurisdicción.
• Conocer y aprobar el informe anual de gestión de la administración.  
• Conocer y aprobar las cuentas de resultado de cada periodo anual.  
• Las demás que le fije la Ley y sus reglamentos.